A darwinisták többsége ideológiai okokból eleve kizárja azt a válaszlehetőséget, amely nem tetszik neki. Ez a hozzáállás bénítóan hat a tudományra.
Néhányan különbséget tesznek „módszertani” és „metafizikai” naturalizmus között. Az utóbbi egy materialista filozófia, egy olyan világnézet, amely szerint kizárólag a természet létezik, Isten és a lélek puszta kitaláció. Az előbbi pedig (a módszertani naturalizmus) állítólag csak a tudományos módszerrel együtt járó korlátozás, nem pedig a valóság egészének leírása.
Ám ha a tudományt úgy határozzuk meg, mint amelynek célja a naturális magyarázatok felkutatása, akkor komoly nehézségeknek nézünk elébe. Először is, előfordulhat, hogy valóban történnek csodák. A laboratóriumi kísérletek általában olyan jelenségekre irányulnak, amelyek követik a természet szabályszerűségeit, ezért ezek esetében helytelen lenne csodákra hivatkozni. Ha viszont feltételezzük, hogy Isten valóban művel csodákat (akár manapság, akár a múltban), akkor komolyan félrevezetnénk magunkat, ha ahhoz a feltételezéshez ragaszkodnánk, hogy ezeket természeti törvények hatásaként lehet értelmezni. Isten valós világban végrehajtott tetteinek lennének tényleges hatásai. Így ha a módszertani naturalizmus megtiltja, hogy egyáltalán figyelembe vehessük az e hatások létrejöttében szerepet játszó egyik lényeges elemet, akkor – bár azt állítja, hogy az igazság felé vezet – valójában a metafizikai naturalizmussal azonos.
Alvin Plantinga filozófus szerint, „Ha a tudományból kizárjuk a természetfelettit, ugyanakkor azonban a világ vagy azon belül egyes jelenségek valójában természetfeletti eredetűek (ahogy a legtöbb emberek gondolja), akkor tudományos alapon nem lehetne megérteni ezt az igazságot. A módszertani naturalizmushoz való végletes ragaszkodás így megbénítaná a tudományt, mert meggátolná, hogy felismerjen egy roppant fontos igazságot a világgal kapcsolatban. Csupán e korlátozás miatt előfordulhat, hogy hosszú távon még a legalaposabb tudomány is hamis következtetésekhez vezet.”
Másodszor, a módszertani naturalizmus arra késztetheti az embereket, hogy olyan elképzelésekbe kapaszkodjanak, amelyek nem bizonyítottak, sőt, valójában ellentmondásban állnak a tényekkel. Ha valaki pusztán azért nem kérdőjelezi meg a közös őstől való származás tételét, mert ez az elérhető legjobb naturalista magyarázat, miközben a kövületek nem támasztják alá, és a molekuláris biológia tényei sem állnak összhangban vele – legalábbis az élőlények főbb csoportjait tekintve –, akkor az illető nem azt a tevékenységet műveli, amit a legtöbben tudománynak nevezünk. Ugyanis nem azt vizsgálja, melyik hipotézis cseng egybe legjobban a tényekkel. Ugyanez vonatkozik arra is, aki csak azért ragaszkodik ahhoz, hogy a makroevolúció pusztán a mikroevolúció kiterjesztése, mert ez a legjobb naturalista magyarázat, holott az élőlények tanulmányozásából származó bizonyítékok határozottan arra vallanak, hogy ez nem igaz. Ahogy Phillip E. Johnson, Darwin-kritikus rámutatott: „Gyakori, hogy az emberek a naturalizmust és az empirizmust tévesen azonosnak tartják, holott a darwinizmus vonatkozásában a tudomány e két alapelve teljességgel ellentmond egymásnak.”
A természettudósoknak nyilvánvalóan keresniük kell a természet kínálta okokat. Dembski szerint, az intelligens tervezettségre vizsgálata esetén is ennek kell lennie az első lépésnek. Dembski magyarázatszűrője alapján (nyolcadik fejezet) csak azután lehet tervezésre következtetni, ha az irányítatlan természeti okokat – a szükségszerűséget és a véletlent – már elvetettük. A módszertani naturalizmussal az a baj, hogy önkényesen kizár minden olyan vizsgálódást, amely túlmutat az irányítatlan természeti okokon. Del Ratzsch filozófus szerint „ha valaki a tudományt a természeti okok keresésére korlátozza, és azt feltételezi, hogy a tudomány elvben minden kérdésre választ adhat így, akkor az illető hallgatólagosan már el is fogadta a filozófiai naturalizmust […] A módszertani naturalizmus nem olyan ártatlan, mint amilyennek olykor lefestik.”
Az egyik fő probléma a módszertani naturalizmussal, hogy arra készteti a darwinistákat, hogy olyan tapasztalati anomáliák fölött is elsikkadjon a figyelmük, amelyek miatt a legtöbb tudományos elmélet már régen eltűnt volna a süllyesztőben.
